Nel 1222 il clima di prosperità e sicurezza garantito dal Comune di Padova favorisce il sorgere di una delle esperienze fondanti della civiltà europea, l’Università degli Studi, dove nel corso dei secoli sono state segnate tappe fondamentali dell'evoluzione scientifica e tecnologica.
L'Università di Padova è una delle più antiche del mondo (la seconda in Italia dopo Bologna). La sua sede storica, Palazzo Bo, conserva intatto il più antico teatro anatomico stabile del mondo e alcuni siti e memorie di grande valore come la trecentesca Aula di Medicina, la cattedra di Galileo Galilei, che qui insegnò dal 1592 al 1618, l'Aula Magna, antica Scuola Grande dei Legisti, e il doppio chiostro moroniano decorato dagli stemmi di studenti e professori insigni dello Studio.
Altro tesoro scientifico è l'Orto Botanico: fondato nel 1545 per lo studio dei Semplici (piante medicinali), è il più antico orto botanico universitario del mondo che abbia mantenuto la sua sede originaria. Nel 1997 è stato dichiarato dall'UNESCO patrimonio mondiale dell'umanità.
L'antica torre dell'Osservatorio astronomico, detta la Specola, fu istituita nella seconda metà del Settecento per sperimentare le teorie astronomiche. Innalzata sulla torre del castello è oggi sede di un museo che ospita numerosi strumenti per gli studi astronomici.
Fanno da corollario all'ambiente universitario numerosi musei scientifici come il Museo di Geologia e Paleontologia, il Museo di Storia della Fisica, il Museo di Mineralogia, Istituti di ricerca e sperimentazione scientifica, Centri e laboratori legati allo Studio.
E' inoltre in corso di allestimento il Museo della Medicina, che sarà ospisto nel quattrocentesco ex ospedale di S. Francesco Grande, il primo ospedale patavino istituito nei primissimi anni del '400 per volere dei coniugi Baldo e Sibilla Bonafari. Il museo illustrerà la grande tradizione medico scientifica e l'evoluzione dell'assistenza sanitaria a Padova.
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